1979’da İstanbul’da doğdu. Getronagan Ermeni Lisesi’ni ve Boğaziçi Üniversitesi Sosyoloji Bölümü’nü bitirdi. New York Üniversitesi’nde Ortadoğu-İslam Çalışmaları ve Tarih bölümlerinde yaptığı doktorasını 2010’da tamamladı. Melissa Bilal ile birlikte, 2006’da yayımlanan Bir Adalet Feryadı: Osmanlı’dan Türkiye’ye Beş Ermeni Feminist Yazar (1862-1933) kitabının editörlüğünü yaptı. Ekmekçioğlu, Massachusetts Teknoloji Enstitisü’nde McMillan-Stewart Tarih doçenti ve Kadın ve Cinsiyet Etütleri Programı üyesi.